一是通过微生物同化还原和植物吸收形成含硫有机化合物，如含硫维生素或蛋白质和其他含硫氨基酸如蛋氨酸、半胱氨酸和胱氨酸等，存在于所有生物体中，然后在一定的低温条件下分解产生硫化氢，这是形成以腐化为主的硫化氢的过程，发生在表面。这种方法出现在煤化初期，产生的硫化氢规模和含量都不会很大，不易积累。
据硫化氢厂家介绍，二是微生物硫酸盐还原菌利用各种有机物或碳氢化合物还原硫酸盐，在异化作用下直接形成硫化氢。在这个过程中，硫酸盐还原菌只将一小部分代谢出的硫吸收到细胞内，大部分的硫被好氧生物吸收，完成能量代谢过程。某些菌种有机物的分解产物可能成为其他菌种需要吸收的营养物质，会提高硫酸盐还原菌对有机物的吸收转化效率，从而产生大量的硫化氢。硫酸盐还原菌将硫酸盐还原为硫化氢的方式也称为微生物硫酸盐还原。
